《新还珠格格》中，小燕子和永琪最终没有结婚，但两人在一起生活。以下是大结局的剧情简介：

永琪的决定 ：永琪认为任务已完成一半，孩子将是他留给额娘的希望。因此，他向皇上辞行，皇上尊重他的选择，并称若他三年未归，将宣告其去世。

小燕子的等待：

小燕子在大理等了永琪两年，最后两人终于在一起，但没有结婚。

其他角色的结局

欣荣：

欣荣生下儿子，永琪即向皇上辞行。皇上尊重其选择，并称若他三年未归，将宣告其去世。

班杰明：班杰明醒来，将趴在床边睡着的小燕子画下。

箫剑和晴儿：箫剑和晴儿也在大理，结婚了。

最终场景：

收拾好东西后，小燕子和永琪一起向家走去，分别两年有余，两人似乎有说不完的话。最后，他们相拥在一块。

综上所述，虽然小燕子和永琪最终没有举行婚礼，但两人在一起生活，并且有了一个孩子。这个结局强调了他们之间深厚的感情，并且符合琼瑶剧一贯的“有情人终成眷属”的主题。